虽说隐形守护者有很多支线剧情，每个支线剧情都有自己的大结局。然而，最终整个游戏的大结局只有四个，分别是：扶桑镇魂曲、秀丽全球、丧钟为谁而鸣、红色芳华。那么，这些大结局要如何开始呢？

扶桑镇魂曲：自己刺杀浅野博文
秀丽全球：下火车 --> 不劝说方敏
丧钟为谁而鸣：下火车 --> 劝说方敏
红色芳华：庄晓曼好感33 + 不去采访浅野博文 --> 不下火车

提议大结局顺序：丧钟为谁而鸣 --> 秀丽全球 / 扶桑镇魂曲 --> 红色芳华